在威廉一世改组英国教会的过程中，不仅涉及到神职人员的职位变动，而且又要使所选之人合法，那么教皇的批准显然是必要的。

1070年，教皇亚里山大二世从罗马派来三名使节，分别在复活节于温彻斯特和圣子降临节于温莎会议上帮助威廉一世处置某些英国主教和修道院院长的去留，用诺曼人来替代他们并促进教会诺曼化。

同一年教皇亚历山大二世再次派使者参加英格兰会议，通过了坎特伯雷大主教斯蒂甘德的免职决定。斯蒂甘德被废黜为日后兰弗朗克的上任扫清了道路，兰弗朗克的任命既受到教皇的欢迎，也受到国王的欢迎。在国家的紧急时刻度过后，兰弗朗克和其下属可以自己处理教会事务，不再需要教皇时，威廉和他一致认为要注意提防教皇的渗透干涉与报复，至少在表面上顺从教皇，由此国王与教皇的中间人上任了。

在对教会事务的支持上，威廉一世认为是在上帝的帮助下，才打赢黑斯廷斯这关键的一战，从而征服英国。于是他在黑斯廷斯修建了巴特尔修道院，赏赐钱财，派去修士。在哈罗德被刺死的地方建立圣坛，将修道院献给圣马丁。“1070年，受威廉一世的邀请，卡昂修道院的院长兰弗朗克来到英国，并且成为了坎特伯雷大主教。威廉一世可以把大部分的教会事务交给兰弗朗克，因为兰弗朗克和他手下所有的主教都是他的人；重要的是，至少得给他们恩宠以确保他们不会成为教皇的手下。关于兰弗朗克这位大主教，在其还未来到英格兰时就曾在诺曼底公国侍奉威廉。

当威廉公爵要跟近亲马蒂尔达结婚时，当时的教皇曾下禁令阻止。兰弗朗克去到罗马，据理力争，成功说服教皇同意威廉的婚事。此时的教皇其实与威廉一世的交情并不深，同意兰弗朗克的建议不过是顺水人情。但是通过此次事件，改善了教廷与威廉公爵间的关系，为后来威廉到罗马求援打下了良好的外交基础。兰弗朗克不仅熟悉法律，还熟悉英国的风俗和条件，他到来后立即要求对英国教会进行重组，确立坎特伯雷大主教在主教中的最高地位；教会事务必须由国王控制；建立一个诺曼化的英国教会。显然这一切都符合威廉一世的心意。同时他还支持禁止教会内部买卖圣职，禁止教士结婚，这让他与教皇保持了良好的关系，使他成为威廉与教皇之间的联络人。

1075年格里高利七世推动教皇，强调教权至上，并且开始反对威廉一世对教会进行的改革，甚至发出威胁。“诺曼公爵威廉征服英国称王后，教皇坚持要英王威廉向罗马教廷称臣，声称否则威廉则“不能进天堂”。”面对教皇的咄咄逼人，威廉一世直接回应道：“我未曾同意过效忠，现在也不会这样做。因此我从未作此承诺，我也未发现我的先辈曾向你的前任效忠过。”同时想办法减少与罗马教廷的联系，谨慎地避免与教皇有任何接触。没有他的同意，任何东西也都不能从罗马寄来，他不会允许任何人收到教皇的信，除非这些信事先拿给他看。同样，任何人都不能擅自前往罗马，除非经过他批准且只能以威廉的使者身份前往。

对于威廉一世的这种做法，格里高利七世在1079年愤怒地说道:“没有一个国王，哪怕是的国王，敢像威廉那样厚颜无耻地反对上帝的使徒的行为;从没有人能如此不敬和无礼地阻止主教和大主教来到上帝的使徒门前。”

而且他特别要求让兰弗朗克来一趟罗马，因为在他担任教皇期间，兰弗朗克从未到过罗马，他对兰弗朗克的缺席感到更加气愤。1080年格里高利七世又派公使休伯特带信给威廉一世。

通过信件的交流，二者的僵硬关系有所缓和。经过与威廉的多次交流，教皇格里高利七世认为威廉与大陆上的其他世俗国王不同。威廉是一个有能力的国王，他愿意与教会沟通，而不是像其他国王一样，完全不能协商解决争端。当他的下属对威廉的无礼行径不满时，教皇辩解说：“虽然在某些事情上，英国国王的行为并不像人们所希望的那样虔诚，但他既没有破坏，也没有出卖上帝的教会。

他努力以和平和公正的方式管理他的臣民，他拒绝同意任何有损于教廷的事情，即使是在基督教的某些敌人的威逼下下；他要求牧师宣誓离开他们的妻子，进行独身生活；要求教友们上交他们应缴的什一税。从这些方面来看，他都显示出自己比其他国王更值得赞许和尊敬。”