宇多天皇是摄关时代唯一一位非藤原氏女子所生的天皇。由于宇多帝与藤原氏没有直接的血缘关系，权臣藤原基经为了更好地掌控局势，借“阿衡之议”进一步堵塞了年轻的宇多天皇亲政的道路。
日本学者河内祥辅等所持观点认为“阿衡之议”是宇多天皇意欲从藤原基经手中夺取权力的一次尝试，然而此时藤原氏势力正值上升时期，其家族地位难以被撼动，此次夺权的尝试因而失败。这种观点应该是从宇多帝与藤原氏十数年的对立关系出发的。然而当时宇多天皇年仅21岁，而藤原基经已经年过五旬，并拥有三十多年丰富的政治经验。作为一位曾被降为臣籍的年轻天皇，宇多帝应该非常清楚的认识到其父子二人的皇位都仰仗于藤原基经。所以在即位之初宇多天皇需要做得是使自己的皇位稳固，而不是与权臣直接对抗。
而且即便有意重振皇权，仅仅依靠文字技巧也不可能真正撼动藤原基经历经几朝的权势，这一点宇多天皇及其亲信不可能不考虑到。在光孝帝时期，天皇与群臣即已达成共识，太政大臣“无所统职，亦无所不统”。藤原基经对此并无异议，仍旧担任太政大臣；但其却对宇多天皇的用词百般刁难，究其用意，无非是借机打压年轻的天皇，并进一步树立自己的权威。“阿衡之议”令宇多天皇的处境十分尴尬，因此不论其最初是否怀有与藤原氏对抗之意，经过这一事件，宇多天皇都会对藤原氏的专横产生敌对、反抗之意。
藤原基经故后，其子藤原时平等兄弟几人年纪尚轻，宇多天皇以时平年轻仍需历练为由再未设置关白，并开始起用非藤原氏大臣，如以学识渊博著称的菅原道真。然而仅仅如此并不能确保摆脱藤原氏对皇室的控制，宇多天皇还需要考虑当藤原时平等人年长位高之时，如何保证自己的继承人可以不受摄关体系的束缚。而最好的解决方式仍是禅位，及早完成皇位的传承。在立储及禅位问题上，宇多天皇也只与菅原道真商讨，并最终立自己的长子敦仁亲王为皇太子。
敦仁亲王三岁失恃，为基经之女温子所抚养，其生母藤原胤子出身藤原北家旁系。这一决定应是考虑到敦仁亲王与藤原时平实际的血缘关系较远，敦仁亲王在个人感情上不会太依赖时平；又因其为温子养子而与时平有了名义上的舅甥关系，因此立敦仁亲王为储君不会遭到时平兄弟的反对。对于禅位时机的选择，菅原道真认为“如是大事自有天时，不可忽，不可早”，于是在两年后的宽平九年（897）皇太子13岁元服之际，宇多帝始行禅位，新君即为醍醐天皇。由于男子元服即意味着成年，因此避免了藤原时平以舅父的身份摄政。
宇多上皇为了确保醍醐天皇能够亲政，自己作为上皇并不对天皇的执政行为做出过多的干预，但为了引导新天皇脱离藤原氏，宇多帝在禅位之际留给新帝一份训诫，史称《宽平御遗诫》。开篇便教育儿子要做到“可明赏罚，莫迷爱憎；用意平均，莫由好恶；能慎喜怒，莫形于色”。随后便嘱咐新君要特别倚重两位大臣，首先谈到藤原时平：“左大将藤原朝臣（时平）者，功臣之后，其年虽少，已熟政理，先年于女事有所失，朕早忘却，不置于心（中略）又已为第一之臣，能备顾问。
而泛其辅道，新君慎之。”强调藤原时平是功臣藤原基经之子，熟悉政事，可堪重用，顺带提及时平早年曾与伯父之妻有过不检行为之事，并表明自己早已不放在心上，仍加以重用。接着宇多上皇着重强调了要倚靠菅原道真：“右大将菅原朝臣是鸿儒也，又深知政事朕选为博士，多受谏正，仍不次登用，以答其功。加以朕前年立东宫之日，只与菅原朝臣一人论定此事，其时无共相议者一人（中略）菅原朝臣非朕之忠臣，新君之功臣乎，人功不可忘，新君慎之。”
宇多上皇首先肯定了菅原道真的学问、能力与品德，之后又详细的讲述了醍醐帝立太子之议以及对禅位时机的选择，目的是让醍醐天皇了解到自己能够成为太子并且在元服之时即位亲政，完全是菅原道真的功劳。与对藤原时平的评价相对比，高下立分。
宇多上皇以光孝皇女为子内亲王为醍醐天皇妃，并且不允许藤原时平的妹妹稳子入后宫。为子内亲王是宇多上皇的同母妹，以内亲王为妃是中断已久的律令所规定的，宇多上皇应是希望以此来阻断与藤原氏的婚姻及亲缘关系。但最终为子内亲王在生产时故去。同年宇多上皇薙发入道，并辞去上皇尊号。
朝中既无上皇又无摄政，为醍醐天皇的亲政提供了充分的条件，醍醐天皇任命藤原时平为左大臣，菅原道真为右大臣。虽然藤原时平仍占据当朝的最高官职，但这一政治局势仍令时平感受到藤原氏的独尊地位受到了威胁。
昌泰四年（901），藤原时平送稳子进入醍醐天皇后宫。也正是这一年，藤原时平为排除异己，诬陷菅原道真密谋支持醍醐天皇异母弟齐世亲王篡位，致使醍醐天皇将菅原道真贬至九州任大宰权帅，朝廷大权将再度被藤原氏所把持。
宇多上皇得知此事，连夜入宫劝谏，“卅日癸丑，太上皇御幸左卫门阵，官人以下卫士不下胡床，上皇通夜不还。二月一日甲寅，上皇还本宫”。可见，藤原氏对此早有准备，派遣亲信士兵把守宫门拦截宇多上皇，上皇在宫门外守候一夜，竟没能见到醍醐天皇，最终愤懑而归。两年后，菅原道真故于大宰府。同年，藤原稳子诞下一子保明亲王，即之后的文献彦太子，藤原一族因此又有了重建摄关政治的可能性。
宇多上皇为摆脱藤原氏势力、实现天皇亲政而与藤原一族进行的种种博弈可谓是摄关时期上皇与藤原氏最为直接的交锋。由于摄关政治正处于上升期，代表父系势力的上皇没能彻底压制住代表母系势力的藤原氏，但在宇多上皇等人的努力下，其子醍醐天皇、其孙村上天皇均有一定时间的亲政期。此后藤原氏当政者愈发注重与天皇的血缘关系，不断将自家女子送入后宫生育皇嗣，从亲缘角度掌控天皇。